《诗经·国风·秦风》
蒹葭苍苍,白露为霜。所谓伊人,在水一方。
溯洄从之,道阻且长;溯游从之,宛在水中央。
蒹葭凄凄,白露未晞。所谓伊人,在水之湄。
溯洄从之,道阻且跻;溯游从之,宛在水中坻。
蒹葭采采,白露未已。所谓伊人,在水之涘。
溯洄从之,道阻且右;溯游从之,宛在水中沚。
看!中国铁鹿和草泥马快乐地驰骋在苍茫的马勒戈壁上。。
最近在中国苍茫的马勒戈壁上发现了新物种,已被命名为:中国铁鹿。据进化论专家跟踪研究发现,中国铁鹿为止鹿和萎马(草泥马的亚种)交配产生的后代,本身无繁殖能力,仅在中国境内存活。后中国铁鹿被历史悠久的朝泥族人驯养,培育出可繁殖后代,并已变异出D、T、K等若干个亚种(根据速度划分)。
中国铁鹿习性特殊,靠一种桔子获得营养。这种桔子被命名为“铁鹿桔”。铁鹿桔因靠雅蠛蝶授粉而含有毒物质,中国铁鹿食用后会不定时产生某些抽风反应,表现为作息不正常、食量大增等,严重影响朝泥族人日常交通。朝泥族人虽痛之入骨但无可奈何,因其为本族人民最重要的交通工具。
APS审核之面谈篇
从去年09年12月10号正式递交审核材料,到今天10年3月22号正式面谈,APS审核部足足让我等了3个多月。
今天几乎是裸考去的。一是因为我觉得这个APS没什么可准备的,一些边边角角会被问到的问题你也不可能事先准备,问到了也只能说明你RP差,其余的课程毕竟都是自己学过的,能有个大概印象应该就可以了;二是因为我从心底就很抵触大学学过的很多垃圾课程,好不容易逃出苦海又再让我从头来一遍,这不是谋杀嘛。
直到昨天晚上晚饭后,我才硬着头皮,花了两个小时整理了一下思路。我是这样整理的:我翻出我的大学成绩单翻译公证件,把上面专业必修课的中、德文名称列在一张A4纸上,一共17门。然后我到当当网,搜索这17门课程我当初用过的教材。。从教材的目录里,我提取出几个关键词,把它翻译成英文,写在每个课程名称的后面。有的硬件课程实在是太烦人了,我就直接pass掉,想到时如果他们问我,我就说我专业的Schwerpunkt(侧重点)是Software. 最后我又把我曾经和正在做的隐写术和生物信息学两个课题中的几个要用到的专业词汇查了一下,默默复述了一下,就差不多了。原本还想弄下专业选修课,但这几门课都没教材,而且当时讲了啥我已彻底忘记,干脆就不弄了,睡觉。
今天上午8点一刻审核。因为我家比较远,我6点不到就起床了。。杯具的和上班族挤地铁。结果还是最后一个掐着点儿赶到了审核部。虽然我不相信封建迷信,但我一直觉得“亮马河”是我的福地,至于原因大家看看我现在的校内或者QQ头像,再联想一下庞统和“落凤坡”的故事就知道了。。
上午审核一共8个人,4男4女。一个女生是二审,其余皆为一审,而且似乎都是大四的学生。点过名后我们被安排到旁边的房间里。用我旁边一哥们儿的话来说,就是“等待提审”。之后是照相,照相的顺序就是面谈的顺序,结果我被排在了倒数第二个。
大家聊天,缓解紧张的气氛,然后德国主考官就来“提审”了。等了两个多小时才到我。一个胖女人(有点儿像我当初在上海锦创歌德上课时的那个柏林老太太)把我带进了房间,让我存放好随身物品,然后把我关进了旁边一个也就两平米大小的隔间,给了一张答题纸,上面是用英语写的四道选择题,又给了几张白纸当草稿纸,开始做题。桌子上文具一应俱全,还有四本词典(英汉、汉英、德汉、汉德)。
题目还是比较简单的吧。第一道是关于以太网的,问下列描述中错误的一项,第二道是问面向对象编程有哪些属性,第三道是关于数据结构的,第四道是给了个伪代码,要求写运行结果(最后事实证明,这道题确实出错了)。很快就写完了。30分钟后胖女人来收卷,到对面房间面谈。主考官就是她,做笔录的是个眉清目秀的德国帅哥。
面谈的流程网上有很多帖子都能查到了。先是自我介绍,讲自己的留学动机,然后是讲自己想学的专业。我说想学生物信息学,她问为什么,我正好就把昨晚准备好的那个项目简单介绍了一下。然后就开始问核心的专业课程了。结果她一上来就问了我们第七学期学了什么课。。杯具,第七学期都是专业选修课。。- -那个学期我都在准备德福,课基本上就没去上过,我就想起来了通信系统概论和并行分布式计算这两门课。。解释前面的通信系统概论还比较容易,但解释“并行分布式计算”这个概念就麻烦了。。我就画了个图,说是好多电脑在同时干同一件事情,然后不知道我脑子怎么抽了筋,突然想起了“云计算”,就把“cloud computing”说出来了。。刚说出来我就后悔了。那个胖女人果然就抓着这个“云计算”不放手了,刨根问题让我讲清楚“云计算”是个什么玩意儿。。我随机应变,把BT下载的原理讲了一下,我觉得这个和“云”原理差不多吧,刚解释清楚,我以为总算是绕过去了,没想到胖女人又开始追问“云计算”。。- -没办法,我只好实话实说,说这个概念我们只是提到过,没有细讲,胖女人终于作罢。
然后是计算机网络。。虽然大一在金山的时候杨建国让我对这门课产生了阴影,但因为她问的还是些比较基础的东西,我还能应付。之后是嵌入式。。幸亏我昨晚看了这本书的目录,还记得有个玩意儿叫PXA255,她又问知不知道“ARM”这个东西,我就猜着玩意儿应该是个芯片,在手机里会用到。。没想到还真让我猜对了。。这门课也算过了。。
接着是软件工程。这个我还比较拿手,画了两种软件工程的开发模型,描述了其中一个模型的开发流程,也算过了。
最后她拿出了我一开始的那张答题纸,问了我前两道题的答题思路。第一道题就是以太网的,她让我解释了一下WAN和LAN的区别。然后问到第二题面向对象(OO),我就用“类”解释了“封装”、“继承”、“复用”三个属性的概念,还用到了当初张小勤老师给我们讲课时的那个不同动物叫声不同的多态的例子。剩下两道题她也不问了。我问她最后一题是不是出错了,她看了看也承认有打印错误。。
她说时间到了,我突然来劲儿了。。又很快的讲述了一下我的“隐写术”课题。面试过程中,胖女人和德国帅哥还是比较严肃的,直到最后结束时才对我露出笑容,告诉我APS审核其实还是以浅层的知识为主,要求能进行复述,而那些做过的课题看得都不重。最后胖女人要我两个星期后收取APS审核成绩单,我想这应该就是暗示着我已经通过了吧。祝我好运~
最后要感谢一下帮助过我和给过我很多宝贵经验的同学和朋友们,也希望我的这篇日志能给其他人一些启发。
明天晚上回上海。希望大家留德之路一帆风顺!
又见沙尘暴。。
昨天上午7点多钟回到北京,除了有点儿冷,和上海没什么差别,结果今天就变了天。
一早迷迷瞪瞪醒来,还不到7点半,恍惚间透过窗帘看见外面是橘黄色的,我以为是在做梦,又沉睡过去。。两个小时后再次清醒过来,我拉开窗帘后才意识到发生了什么:沙尘暴!
多少年没见了啊,怎么今年又来了。。吃早饭的时候就看到外面院子里枯树枝被狂风吹得东倒西歪,风小一些了,就见到外面停的车顶上落了一层的土。我印象最深刻的一次沙尘暴还是在我上小学的时候,那样恶劣的天气居然还要我们做课间操。就感觉天地一色,都是土黄色,被狂风席卷着。抬头看太阳,竟然是紫色的,这种景象很难不让人联想到世界末日。之后政府终于觉醒,开始植树造林,开始治理环境,然后沙尘逐渐离京城远去。沙尘暴的记忆也似乎变成了传说,被人们所淡忘,直至今日被重新唤醒。
这是我的家吗。。?(图片来源:搜狐)
收到APS审核面试通知
去年12月10号寄出申请材料,今天下午在图书馆看书,终于接到APS审核部打来的面试电话,电话号码是010659071XX,3个月的等待,我内牛满面。。
审核时间是3月22号,上午8点一刻,北京,审核部311室,同时,aps.org.cn上的注册信息也修改为:
| Stand der Überpruefung: China-Verfahren | |
| 审核部为您预约了面谈时间。请于 2010 年 03 月 22 日到 北京 参加审核部面谈。您的面试时间是 8:00,请务必准时到达面谈地点。 整个面谈过程约为25分钟,之前会有近25分钟的准备时间。请携带您的护照或者身份证。您也可以携带并使用翻译类词典,但不允许使用专业类百科全书和电子字典。 |
祝我审核一切顺利!
访陈润生院士
今得一良机,以一介布衣书生之身,拜访了中科院生物物理研究所陈润生院士——中国生物信息学领域的No.1. 陈院士和蔼可亲,平易近人。在一个小时的交谈和实验室参观之后,我真有种“听君一席话,胜读十年书”的感觉。
从今天起,不要把自己想做是数学家、物理学家,更不是生物学家、计算机学家,而是真正的生物信息学家。生物信息学,是一门独立的学科。要真正的进去,而不是在边缘徘徊。
从今天起,选择一个可以终身为之执着奋斗的方向,沿这个方向不断努力,用知识武装自己,学会用生物信息学方法发现问题、解决问题。做主角,而不是配角。
从今天起,要加强自己独立思考和解决问题的能力。尽信书不如无书。“当你看文献的时候,你就已经落后了。”想别人没想到的问题,做别人没有做过的事情。不要给自己任何的思维定式。
这一天,这一个小时,是我这整个寒假最大的收获。
Perl与MySQL链接
接上文《Access转MySQL方法》。已经在MySQL里建了一个数据库,这个数据库可以在“C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL\MySQL Server 5.1\data”目录下查到。现在要用Perl对这个数据库进行链接。
先用ActivePerl下载安装模块DBD-mysql,之后编辑链接代码如下:
#!/usr/bin/perl
use DBI;
my $dbname = "dbname"; #改成自己的数据库名字
my $location = "localhost";
my $port = "3306"; #这是mysql的缺省
my $database = "DBI:mysql:$dbname:$location:$port";
my $db_user = "root";
my $db_pass = "******"; #将******替换为对应的mysql数据库登录密码
my $dbh = DBI->connect($database,$db_user,$db_pass);
my $sql = "SELECT * FROM miRNA2gene where id = 1217";
my $sth = $dbh->prepare($sql);
$sth->execute() or die "无法执行SQL语句:$dbh->errstr";
my @row;
@row = $sth->fetchrow_array();
print join(",",@row) . "\n";
$sth->finish();
$dbh->disconnect();
该程序功能为查询数据库中编号为“1217”的TargetGene信息(所属miRNA为hsa-mir-9,gene_id为6646,gene_name为soat1,在Targetscan数据库中在hsa-mir-9中的分数为-0.2)。运行结果如图所示,红线划出部分为提取出来的信息(点击看大图):
Access转MySQL方法
1.先从网上下载一个软件:DB2MYSQL,运行db2mysql.exe;
2.【File】->【Open Database】,打开用Access建好的数据库,选择所要转换的表和所要转换的字段,点击【Start】开始转换;
3.在指定目录下会生成一个.sql文件;
4.在DOS界面下进入MySQL:mysql -uroot -p,输入密码;
5.建立一个新数据库,比如:create database new_database(数据库名),建一个与待转换Access数据库表相同的新表,例如:create table new_table (id int, miRNA_name char(20), gene_id int, gene_name(20), score char(5));
6.mysql>use new_database;
mysql>source d:/mysql.sql;(.sql文件完全路径)
7.执行成功。最后也可以用select * from new_table;查看新建表中的记录,看是否添加成功。
Windows+apache+CGI(Perl)
之前一直用IIS,昨天下载了apache,今天对其进行了配置,以能进行Perl的CGI编程。操作系统:windows XP sp3.
步骤:
1.打开httpd.conf找到“#ScriptInterpreterSource registry”,去掉前面的“#”;
2.找到“Options Indexes FollowSymLinks”,在后面加上“ExecCGI”,即修改为:Options Indexes FollowSymLinks ExecCGI;
3.找到“AddHandler cgi-script .cgi”,加上“.pl”即可;
4.重启apache,OK
之后写一个Perl程序测试一下:
#!/usr/bin/perl
print "Content-type: text/html\n\n";
print "Hello,World.";
保存为test.pl,存在cgi-bin文件夹下。直接在浏览器地址栏输入:http://localhost/cgi-bin/test.pl,显示“Hello,World” 即为成功。
题外话:通常自己遇到一些电脑问题后会到网上搜索寻求答案,会找到很多日志、很多帖子。但我真的怀疑这些帖子到底有没有得到作者的亲自试验,还是来自毫不负责的随意臆想,亦或是来源于人云亦云的抄袭。就拿我今天配置安装PHP5来说吧,网上搜索到很多帖子,试了很多,都不成功。有的日志里写“如图所示”,但根本没有图,可想就是不定从哪里顺手抄袭而来的。好在最后找到了一篇非常好的日志,配置成功了PHP5:http://hi.baidu.com/ihhr/blog/item/4b058624d7da336a35a80f96.html。这篇日志是得到过我的亲自试验的,大家可以放心参考。希望网上以后能多一些这样实事求是的文章。




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