TopFisher在生物信息学中的非主流应用。。- -

2 条评论 2010年2月9日 260 views

前几天用了WinInet class类写了一个可以只用输入网页地址,即可获取下载网页源文件的VC小程序,自以为感觉良好,但第二天一试却傻了眼,这个类对于某些网页根本不适用,都会莫名返回”There is some error in getting web page … “的错误信息,这其中就杯具的含有http://www.targetscan.org这个网站(首页可以获取,但是搜索后的页面不能获取)。。起初以为是网页编码的问题,但后来发现不是,网上也查不到相关问题和解决方案,无奈,暂时先转战Perl的CGI编程。

昨儿拔牙,休息一天。今儿上网无意间发现了TopFisher——Web搜索引擎。作为一个计算机专业的学生,我感觉这是一款相当非主流的网页信息采集软件。不过这不正好可以实现我想实现的那个功能吗?我看完了官方的一个教学视频:“如何将www.huochepiao.com中的车票转让信息数据采集下来”之后,眼前一亮,just have a try!官网上下载的那个软件包好像有病毒,推荐大家去迅雷上搜索下载。这款软件是免费的,配有.chm格式的说明书。

像Matlab一样,这个软件也是需要用户通过编程来实现预期的功能,不过当然远远没有Matlab那么复杂。摸索了一下午,小试牛刀,终于成功采集到了http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_50/targetscan.cgi?species=Human&gid=&mir_sc=&mir_c=&mir_nc=&mirg=hsa-mir-10a这个网页上的信息,并转储到数据库中~以下是灰常非主流的TopFisher代码。。- -


//配置部分,您可以在这里直接修改配置参数
InitLink("http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_50/targetscan.cgi?species=Human&gid=&mir_sc=&mir_c=&mir_nc=&mirg=hsa-mir-10a")
DbConnStr("Provider=Microsoft.JET.OLEDB.4.0;Data source=data.mdb;Jet OLEDB:Engine Type=5;")
dbTable("table1",2)
//-----------------------------------------------------------
//代码部分
function main
//这是TPF脚本的主函数,请将代码写在这里
_$str0 = map[0].area[0].hr[0].form[0].body[0].table[0].td[_$int1].href
_$str1 = map[0].area[0].hr[0].form[0].body[0].table[0].td[0].a[0].text
toInt(_$str0)
setData(0,_$str0)
setData(1,_$str1)
saveData(3,exit)
for(_$int1,0,2774)
{
_$str0 = td[_$int1].href
_$str1 = td[_$int1].a[0].text
toInt(_$str0)
setData(0,_$str0)
setData(1,_$str1)
_$int1 = _$int1+14
saveData(3,exit)
}
end

既然是非主流,这段代码就不解释了吧。。大致实现功能就是将hsa-mir-10a这个miRNA中的全部TargetGene名字和ID两个字段找出并存入到Data数据库中的table1表中。

topfisher 300x218 TopFisher在生物信息学中的非主流应用。。

非主流TopFisher编程界面。。

topfisher result 300x187 TopFisher在生物信息学中的非主流应用。。

TopFisher运行结果。。将数据写入数据库中。。右上角显示一共收集到186条信息,与hsa-mir-10a有186个靶基因相符。

database1 300x212 TopFisher在生物信息学中的非主流应用。。

最后生成的数据库。。

被攻击了。。?

2 条评论 2010年2月6日 170 views

这两天我的一篇日志一直受到“留言攻击”。。就是这篇日志不断收到匿名的留言,两三秒就一条,不知是利用了WP的什么漏洞。。刚才忍无可忍终于把这篇日志删了,斩草除根。。

P.S. 今天才知道,优智的国内空间是不支持Perl的CGI编程的。。杯具。。- -下次要考虑换外国空间了。

自动获取网页源代码(基于WinInet class的实验)

没有评论 2010年2月1日 373 views

今天陪老爸老妈爬了山,挺累的,本来想明天再来实验的,结果没想到一到晚上人反而兴奋了,所以索性实验完了得了~下面就是本人对WinInet class这个类的实验过程,包括遇到的问题和解决方案。实验环境:windows XP, .net 2003

首先是打开这个页面:http://www.vckbase.com/english/code/internet/get_webpage.shtml.htm,将里面的WebWorld.h和WebWorld.cpp分别添加进自己的工程里(【项目】——【添加新项】),编译,之后就会遇到你的第一个问题:

fatal error C1083: 无法打开包含文件:“WebThief.h”: No such file or directory

这个问题真花费了我不少时间。我翻遍了我的VC文件夹,都找不到这个头文件,到GOOGLE上面去找,也没有提供下载的,也几乎没有人对这个问题提问,即使问了,也是所问非所答。失望之余,决定用英文试试,于是尝试着用关键词“WebThief.h download”在GOOGLE理搜索。果然发现一条有价值信息:“I guess it is a mistake. Replace it with WebWorld.h”我按照这个方法一试。。果然啊,是这个作者把头文件写错了。。- -后来自己仔细一想,这个不是明摆着吗,WebWorld.h肯定应该对应着WebWorld.cpp,只怪自己太心急了。那么继续。

编译通过,链接却出现了错误:

WebWorld.obj : error LNK2019: 无法解析的外部符号 __imp__InternetOpenA@20 ,该符号在函数 “public: __thiscall CWebWorld::CWebWorld(void)” (??0CWebWorld@@QAE@XZ) 中被引用
WebWorld.obj : error LNK2019: 无法解析的外部符号 __imp__InternetCloseHandle@4 ,该符号在函数 “public: virtual __thiscall CWebWorld::~CWebWorld(void)” (??1CWebWorld@@UAE@XZ) 中被引用
WebWorld.obj : error LNK2019: 无法解析的外部符号 __imp__InternetReadFile@16 ,该符号在函数 “public: class ATL::CStringT<char,class StrTraitMFC_DLL<char,class ATL::ChTraitsCRT<char> > > __thiscall CWebWorld::GetWebPage(class ATL::CStringT<char,class StrTraitMFC_DLL<char,class ATL::ChTraitsCRT<char> > > const &)” (?GetWebPage@CWebWorld@@QAE?AV?$CStringT@DV?$StrTraitMFC_DLL@DV?$ChTraitsCRT@D@ATL@@@@@ATL@@ABV23@@Z) 中被引用
WebWorld.obj : error LNK2019: 无法解析的外部符号 __imp__HttpQueryInfoA@20 ,该符号在函数 “public: class ATL::CStringT<char,class StrTraitMFC_DLL<char,class ATL::ChTraitsCRT<char> > > __thiscall CWebWorld::GetWebPage(class ATL::CStringT<char,class StrTraitMFC_DLL<char,class ATL::ChTraitsCRT<char> > > const &)” (?GetWebPage@CWebWorld@@QAE?AV?$CStringT@DV?$StrTraitMFC_DLL@DV?$ChTraitsCRT@D@ATL@@@@@ATL@@ABV23@@Z) 中被引用
WebWorld.obj : error LNK2019: 无法解析的外部符号 __imp__InternetOpenUrlA@24 ,该符号在函数 “public: class ATL::CStringT<char,class StrTraitMFC_DLL<char,class ATL::ChTraitsCRT<char> > > __thiscall CWebWorld::GetWebPage(class ATL::CStringT<char,class StrTraitMFC_DLL<char,class ATL::ChTraitsCRT<char> > > const &)” (?GetWebPage@CWebWorld@@QAE?AV?$CStringT@DV?$StrTraitMFC_DLL@DV?$ChTraitsCRT@D@ATL@@@@@ATL@@ABV23@@Z) 中被引用
Debug/HTMLSource.exe : fatal error LNK1120: 5 个无法解析的外部命令

这个我比较幸运,一搜就找到了解决方案:http://topic.csdn.net/t/20050330/12/3893951.html,就是在WebWorld.cpp里添加“#pragma   comment(lib,”Wininet.lib”)”,再一试果然就可以了。不过我还不明白这是为什么,希望有高人能给我指点一下,感激不尽。

最后别忘了把WebWorld.h添加到你的项目中。我比较喜欢用基于对话框的VC程序,做了一个按钮控件,在其中添加代码:

CWebWorld a;
CString PageContent;
PageContent = a.GetWebPage("http://www.vckbase.com/english/code/internet/get_webpage.shtml.htm");
MessageBox(PageContent);

最后点击按钮,会弹出这个网页的源文件,试验成功!

自动获取网页源代码(VBscript方法)

没有评论 2010年1月31日 493 views

对于像http://www.targetscan.org这样的网站来说,没有自己的API函数,如果一个人想要获得某一个miRNA的全部靶基因的话将显得十分麻烦,比如hsa-mir-144。此时我想到的办法就是通过取得该网页的源代码,然后再用Perl匹配字符串的方法找到、下载所有的靶基因。今天我做了一下尝试。之前有用VBS做过脚本病毒,又结合网上的一个例子,完成了一个可以自动获取某一指定网页源代码并下载保存的VBS代码。

set http=createobject("Microsoft.XMLHTTP")
url="http://www.ifrei.cn"
http.open "get",url,false
http.send
zhi=zhuanghuan(Http.responsebody)
Dim fso, MyFile
Set fso = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set MyFile = fso.CreateTextFile("d:\testfile.txt", True)
MyFile.WriteLine(zhi)
MyFile.Close
Function zhuanghuan(vIn)
strReturn = ""
For i = 1 To LenB(vIn)
ThisCharCode = AscB(MidB(vIn,i,1))
If ThisCharCode < &H80 Then
strReturn = strReturn & Chr(ThisCharCode)
Else
NextCharCode = AscB(MidB(vIn,i+1,1))
strReturn = strReturn & Chr(CLng(ThisCharCode) * &H100 + CInt(NextCharCode))
i = i + 1
End If
Next
zhuanghuan = strReturn
End Function

其实感觉这个不是一个最佳的方法。一是其不受欢迎性。。- -我刚生成这个VBS文件,就立刻被卡巴斯基报病毒,然后被删除。。我认为是我的那两句创建TXT文件的代码是卡巴病毒库里的一段特征码,要运行这段VBS程序必须先退出杀毒软件。第二就是运行速度。本人电脑1.5G内存,操作hsa-mir-144这个网页,竟然花了8分钟。。生成了一个409KB的TXT文档。这只是一个网页,但我所要面对的是100个左右的网页,显然这个不能满足速度的要求。那么有什么替代的方法呢?

因为我对一些脚本语言还不是很熟悉,比如Perl、python等,但我还是想试一下。另外就是WinInet class,明天进行一下尝试~

梅陇客栈

2 条评论 2010年1月31日 344 views

kk 梅陇客栈

通过这些年来在梅陇客栈的观察发现,梅陇客栈 ≡ 杯具。。- -(注意,是三条横线,表示恒等于。。)避免杯具发生的最好办法就是尽早远远地逃离它,躲避它。。

女老师与女教师的区别

没有评论 2010年1月28日 514 views

不知道大家对此有无研究。。

据本人的最新研究发现,在百度贴吧输入“女老师”和“女教师”有着完全不同的返回结果。

1001282303ecf6eeab0b4e31b8 女老师与女教师的区别

至于为何由此差异,本人笑而不语~

名侦探柯南&赤井秀一

没有评论 2010年1月27日 298 views

小学的时候就开始看名侦探柯南,看到初中,看到灰原哀的出场,大概也就100来集的时候,就突然被莫名其妙地停播了,之后就反反复复地播前面这些集,从头播到尾,然后再来一遍。遭到同样待遇的还有宠物小精灵。然后每天就是国产动画片的狂轰乱炸,从蓝皮鼠大脸猫,到大头儿子小头爸爸,再到蓝猫淘气三千问。。最后他们终于成功地让未成年人远离了电视机。。- -其中有个例外是海尔兄弟,不管画面吧,至少剧情不错,能学到不少东西。这个片儿我真是一集集追着看来着,一集没落下,结果又是个没结尾的片儿。。杯具的童年。。- -

寒假头几天在家休息,突然有股莫名的兴趣想看看名侦探柯南,于是利用到了迅雷看看。。- -不过说实在的,这个软件我现在还没弄明白。。它好像会预先读取你列表中的影片的种子文件,然后开始下载。。之后在本地生成一个文件夹。对此我是后知后觉。看若干集柯南后,才发现我的C盘锐减了1个G多,才发现C盘根目录下不知何时多出了个名为kankan的文件夹。。- -

回到正题。看了最新几集的柯南,《赤壁》,居然出现了“诸葛亮”。。- -雷归雷,但确实能激起人们的兴趣。没想到柯南都拍到500多集了还有的拍。。看了长达14集的系列“红与黑的碰撞”。具体剧情就不说了,总体感觉就是小一半儿的“死亡笔记”。对“赤井秀一”这个悲情配角人物塑造得相当成功,给人留以深刻印象。他死的时候给人的那种冲击和L之死差不多。。后来无意查了一下,百度百科里居然有这个人,而且占了相当多的篇幅,感兴趣的朋友可以自己去查一下。

chijingxiuyi1 名侦探柯南&赤井秀一

另外就是这个系列的柯南TV版结尾曲很好听:雪どけのあの川の流れのように(宛如冰雪融化的河流),歌手是三枝夕夏。

验证:德福成绩有一个3,到底可以去哪些学校

2 条评论 2010年1月21日 738 views

因本人09年11月德福成绩:5434,有一个3,所以前一阶段一直在查到底德国哪些大学是允许有一个3的。网上能查到的答案惊人的相似:

1,不莱梅大学
2,达姆施塔特工业大学
3,齐根大学
4,鲁尔波鸿大学
5,纽伦堡大学
6,汉堡工大
7,克劳斯塔尔工大
8,埃森综合大学
9,罗斯托克大学
10,伊尔梅瑙工大
11,凯姆尼茨工大
12,科特布施工大
13,柏林工大

本人实不知此份名单的始作俑者是谁,有无得到求证,但本着求真务实的态度,我决定还是对照此名单进行一下验证,以解大家心中的疑惑。

1.不莱梅大学  Uni Bremen

德福要求:总分不少于16分,允许有3

原文:alle Studiengaenge mindestens 16 Punkte aus den vier Pruefungsteilen und mindestens Niveau 3 in allen Pruefungsteilen

链接地址:http://www.apply.uni-bremen.de/sprache.html

2.达姆施塔特工业大学 TU Darmstadt

德福要求:总分14分以上有资格参加DSH考试,4X4可以替代DSH-2水平(即免参加DSH考试)

原文:Voraussetzungen für die Teilnahme an der DSH-Prüfung: TestDaf ab 14 Punkten;Die DSH-2 kann ersetzt werden durch: TestDaf Niveaustufe 4 in allen Subtests

链接地址:http://www.tu-darmstadt.de/aaa/voraussetzungen_2/sprachliche_voraussetzungen/fachstudium_1/fachstudium.de.jsp

3.齐根大学 Uni Siegen

德福要求:没有说明具体分数,但要有DSH或TestDaF成绩证明。

原文:Language skills are tested through the DSH test (Deutsche Sprachprüfung für den Hochschulzugang) or the DaF Test (Deutsch als Fremdsprache). As a rule, you can take the DSH in Germany or the DaF in your homeland. We advice taking the DaF Test at home. There are various Test-DaF centres all over the world.

链接地址:http://www.uni-siegen.de/aaa/letsgotosiegen/regularinternationals/application.html?lang=de

4.鲁尔波鸿大学 Ruhr-Universitaet Bochum

德福要求:4X4或者总分16分

原文:Diese sind mit einer bestandenen Deutschprüfung nachzuweisen. Anerkannt werden: -TestDaF mit den Noten 4 x 4 oder 16 Punkten

链接地址:http://www.ruhr-uni-bochum.de/auslandsamt/studieren-in-bochum/studium-mit-abschluss/zulassung/master.html

5.纽伦堡大学 Friedrich-Alexander-Universitaet Erlangen-Nuernberg

德福要求:4X4

原文:”Test Deutsch als Fremdsprache” (TestDaF), ein weltweit angebotener Test, gilt als Nachweis ausreichender Deutschkenntnisse für alle Studiengänge, wenn die Niveaustufe 4 in allen vier Prüfungsteilen erreicht wird.

链接地址:http://www.uni-erlangen.de/internationales/aus-dem-ausland/Regulaer-Studierende/deutsch.shtml

6.汉堡大学 Uni Hamburg

德福要求:总分15分,最多只允许有一个3

原文:Um Ihr Studium in Hamburg antreten zu können, müssen Sie den Test Deutsch als Fremdsprache (TestDaF) mindestens mit 15 Punkten (darunter nur einmal die Niveaustufe 3) abgelegt haben oder die DSH vorweisen können.

链接地址:http://www.verwaltung.uni-hamburg.de/vp-2/5/Studieninteressierte/Deutschkurse.html

7.克劳斯塔尔工业大学 TU Clausthal

德福要求:要求TestDaf-4,但TestDaf-3亦可注册入学,但需满足条件:1.第一学期参加德育课程;2.第二学期末达到德语要求

原文:

Für eine unbefristete Immatrikulation an der TU Clausthal benötigen Sie DSH-2 bzw. TestDaf-4. Sie können sich aber schon mit DSH-1 bzw. TestDaf-3 in allen Fächern bis auf den Studiengang Betriebswirtschaftslehre unter folgenden Auflagen befristet immatrikulieren:

  1. Besuch des studienbegleitenden Deutschkurses im ersten Semester
  2. Nachweis der Verbesserung der Deutschkenntnisse durch Vorlage eines DSH-2 bzw. gleichwertigen Zeugnisses (z. B. TestDaf-4) oder Nachweis eines Studienerfolges von 50% der vorgesehenen Studienleistungen bis zum Ende des 2. Semesters.

链接地址:http://www.izc.tu-clausthal.de/aaa/auslaenderzulassung/zulassung/

8.埃森综合大学 Universitaet Duisburg Essen

德福要求:4X4或者更好

原文:Sie sind von der DSH-Prüfung befreit, wenn Sie das TestDaF-Zertifikat in allen Teilbereichen mit TDN 4 oder besser abgeschlossen haben.

链接地址:http://www.uni-due.de/international/deutschkurse.shtml

9.罗斯托克大学 Universitaet Rostock

德福要求:有“令人满意”的成绩

原文:Nachweis ausreichender deutscher Sprachkenntnisse (Zentrale Mittelstufenprüfung mindestens Note “Gut”, Deutsche Sprachprüfung für den Hochschulzugang ausländischer Studienbewerber – DSH 2 oder TestDaF mit einem für die beantragte Hochschulzulassung ausreichenden Ergebnis)

链接地址:https://www.uni-rostock.de/index.php?id=16422&L=class%252525253Dmg28PY%2525252524

10.伊尔梅瑙工业大学 TU Ilmenau

德福要求:4X4

原文:TestDaF mit dem Ergebnis 4 x 4

链接地址:http://www.tu-ilmenau.de/uni/1705+M51f88d89d9e.0.html

11.开姆尼茨工业大学 TU Chemnitz

德福要求:4X3

原文:Als Nachweis deutscher Sprachkenntnisse werden anerkannt: TestDaF-Zeugnis – Mindestvoraussetzung Niveaustufe 3 in allen vier Teilprüfungen

链接地址:http://www.tu-chemnitz.de/verwaltung/studentenamt/abt12/auslgrund.php

12.科特布斯工业大学 Brandenburgische Technische Universitaet Cottbus

德福要求:总分16分,单项至少为3

原文:Außer der DSH werden folgende Nachweise von uns anerkannt: Test Deutsch als Fremdsprache (TestDaF); mit einer Summe von mindestens 16 in den TestDaf-Niveaustufen (TDN), wobei für jeden der vier Prüfungsteile mindestens TDN 3 erreicht sein muss.

链接地址:https://www-docs.tu-cottbus.de/intoff/public/files/Admissions/Deutschkenntnisse_DSH.pdf

13.柏林工业大学 TU Berlin

德福要求: 总分16分,单项不少于3分

原文:An der TU Berlin werden folgende Nachweise als ausreichender Nachweis deutscher Sprachkenntnisse anerkannt:die Zulassungsprüfung TestDaF (sofern die Ergebnisse in den Summen der 4 Subtests mindestens 16 beträgt, wobei jedoch mindestens in jeder TestDaF-Niveaustufe die Note 3 nachgewiesen werden muss)

链接地址:http://www.referat-1a.tu-berlin.de/fileadmin/ref6/Antr_ge/Bewerberinfo/bewinfo_Jan2010.pdf

综上,我们看到,有些大学明文写出,有一个3也是可以入学的,而有些大学则未给出明确的分数要求。对于那些要求4X4的大学,我们也应该抱着“事在人为”的态度,主动出击,去和外办或教授联系,希望其实还是很大的。就我现在自身的情况来说,我是学理工科的,我已经联系了一些大学,其中一些在网站上要求是4X4的,但最后给我的回复几乎都是“问题不大”或者就是“我们建议你拿现在的成绩申请”。所以我想那些和我情况差不多的朋友,应该还是要自信:Wo eine Wille ist, ist auch ein Weg!

祝各位好运!Zum Glueck:)

P.S.大家有补充的话,也欢迎留言补充~另外,根据具体情况,各个学校的政策肯定还会有一定改变,所以大家想掌握第一手材料的话,最好的办法还是自己去查去问。我这里也仅仅是抛砖引玉,做个参考。

防冰玻璃

没有评论 2010年1月20日 390 views

北方冬天很早出车的时候,会发现车玻璃上都结了冰,用布是根本擦不掉的。用水是可以弄下去,但是过一会儿,水又会结成冰。

车挡风玻璃和后视镜上的冰会给司机造成一定的视觉影响。我想清早路上看到的追尾车祸或多或少和这个有些关系。

那么就没有一种“防冰玻璃”么?我特意到网上查了下,似乎都没有提到玻璃可以本身“防冰”的,而是防冰剂、防冰罩、防冰器之类的提了一大堆。。这样多麻烦啊,如果直接把玻璃造成防冰的不就简单多了么?本着科学、严谨的态度,我去百度查了下“玻璃”词条。

其中提到的“能自我清洁的玻璃”和“不沾水的玻璃”吸引了我的眼球。这原来还是用到的仿生学原理:荷叶不沾水。但如果玻璃不沾水,就等于是不结冰了么?只可惜本人物理学得太差,这其中的联系和蕴含的科学道理还没有想清楚。也可惜荷叶只产于夏日,没有机会去观察观察冬天里的荷叶表面变化,会不会结着薄薄的一层冰呢。

先这样放着吧,等以后有机会再慢慢想。如果哪位朋友碰巧路过,也可赐教一二。不过话说玻璃这玩意儿在我们生活中用处太广了,记得前几个月我还想过防光污染的玻璃,就是能避免阳光的反射。不过这个据说已经早就有了。

牙科知识普及:智齿

2 条评论 2010年1月19日 261 views

昨儿是周一,老爸一大早就开车到城里去看牙,顺带着把我也捎上了,带我也去检查检查- -海军总医院,我初中时常来这儿了,马大夫给看的正畸,拔了四颗牙,做了三年。现在马大夫晋升为主任了,不知道是不是因为我的那个病例,攻克了一个世界难题。。- -

时隔多年回到海军总医院四层的牙科,没怎么变,以前的那个前台的美女护士换了另一个美女。洗完牙,我这一查不要紧,被告知长了俩智齿,还都是歪的- -一去照片子,果然啊。。就看见下面两颗大牙,一个斜着出来的,一个压根儿就是躺着的。。- -我就郁闷了啊,我这牙都怎么长的啊。。

医生的建议就是尽快拔掉,反正智齿也没什么用。要是等着它长起来,那可就不是疼一天两天的问题了。唉。。我怎么这么倒霉啊。。今儿我爸又咨询了一下,回来就一个字:拔!下周一他去复查的时候顺便再把我捎上。。- -这样一来,我从出生到现在,嘴里就要被拔掉6颗牙了。。惨啊。。T_T

我去百度百科维基百科查了下,都是讲智齿的危害的。。看样子是非拔不可了啊。。这也让我有机会亲身体验一下,进化论在人类身上的烙印。。- -人类根本就是一个未进化完全的物种嘛。。也许是因为这个世界上就不存在进化完美的物种。。

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