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Perl与MySQL链接

没有评论 2010年2月18日 D-Horse

接上文《Access转MySQL方法》。已经在MySQL里建了一个数据库，这个数据库可以在“C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL\MySQL Server 5.1\data”目录下查到。现在要用Perl对这个数据库进行链接。

先用ActivePerl下载安装模块DBD-mysql，之后编辑链接代码如下：
 

#!/usr/bin/perl
use DBI;
my $dbname = "dbname"; #改成自己的数据库名字
my $location = "localhost";
my $port = "3306"; #这是mysql的缺省
my $database = "DBI:mysql:$dbname:$location:$port";
my $db_user = "root";
my $db_pass = "******"; #将******替换为对应的mysql数据库登录密码
my $dbh = DBI->connect($database,$db_user,$db_pass);
my $sql = "SELECT * FROM miRNA2gene where id = 1217";
my $sth = $dbh->prepare($sql);
$sth->execute() or die "无法执行SQL语句:$dbh->errstr";
my @row;
@row = $sth->fetchrow_array();
print join(",",@row) . "\n";
$sth->finish();
$dbh->disconnect();


该程序功能为查询数据库中编号为“1217”的TargetGene信息（所属miRNA为hsa-mir-9，gene_id为6646，gene_name为soat1，在Targetscan数据库中在hsa-mir-9中的分数为-0.2）。运行结果如图所示，红线划出部分为提取出来的信息（点击看大图）：

dbi result Perl与MySQL链接

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Windows+apache+CGI(Perl)

没有评论 2010年2月16日 D-Horse

之前一直用IIS，昨天下载了apache，今天对其进行了配置，以能进行Perl的CGI编程。操作系统：windows XP sp3.

步骤：

1.打开httpd.conf找到“#ScriptInterpreterSource registry”，去掉前面的“#”；

2.找到“Options Indexes FollowSymLinks”，在后面加上“ExecCGI”，即修改为：Options Indexes FollowSymLinks ExecCGI；

3.找到“AddHandler cgi-script .cgi”，加上“.pl”即可；

4.重启apache，OK

之后写一个Perl程序测试一下：

#!/usr/bin/perl
print "Content-type: text/html\n\n";
print "Hello,World.";

保存为test.pl，存在cgi-bin文件夹下。直接在浏览器地址栏输入：http://localhost/cgi-bin/test.pl，显示“Hello,World” 即为成功。

题外话：通常自己遇到一些电脑问题后会到网上搜索寻求答案，会找到很多日志、很多帖子。但我真的怀疑这些帖子到底有没有得到作者的亲自试验，还是来自毫不负责的随意臆想，亦或是来源于人云亦云的抄袭。就拿我今天配置安装PHP5来说吧，网上搜索到很多帖子，试了很多，都不成功。有的日志里写“如图所示”，但根本没有图，可想就是不定从哪里顺手抄袭而来的。好在最后找到了一篇非常好的日志，配置成功了PHP5：http://hi.baidu.com/ihhr/blog/item/4b058624d7da336a35a80f96.html。这篇日志是得到过我的亲自试验的，大家可以放心参考。希望网上以后能多一些这样实事求是的文章。

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Perl函数递归的简单例子

没有评论 2009年12月11日 D-Horse

一个简单的Perl语言函数递归的例子：阶乘计算。@_是Perl语言函数传递参数时的参数列表，$_[0]即为第一个参数。

sub fun{
    if ($_[0] == 0||$_[0] == 1){
        return 1;
    }
    else{
        return $_[0]*&fun($_[0]-1);
    }
}
Perl

Perl：判断一个数组是否为另一个数组的子集

没有评论 2009年12月9日 D-Horse

[方法1]：对于数组中无重复元素，用join，将原问题转换成查找子串的问题

my @aa = qw(1 2 3 4 5);
my @bb = qw(1 3);
my $str = join "-",@aa;
for(@bb){
        print "no:$_" if "-$str-" !~ /-$_-/;             #智能模式匹配
}

>>原帖地址

[方法2]：对于数组中有重复元素，用%hash

use strict;
my @aa = (1,2,3,4);
my @bb = (1,2,2,2,3,4,4,5,6,7 ) ;
my %aa_hash=();
my %bb_hash=();
for(@aa){
        $aa_hash{$_}=' ';
}
for(@bb){
        $bb_hash{$_}=' ';
}
foreach(keys %bb_hash ) {
        if(exists $aa_hash{$_}){
                delete $aa_hash{$_};
                delete $bb_hash{$_};
        }
}
if((scalar keys %aa_hash) ==0 and (scalar keys %bb_hash)>0 ){
        print '@aa is @bb\'s child',"\n";
}

>>原帖地址

Perl

TestDaF之后的四个星期

2 条评论 2009年12月6日 D-Horse

今天早起，上海难得的好天气。湛蓝的天空，阳光直射入窗。两位党员都赶着上考研的课去了，LY同学今天日语三级，GOOD LUCK~

昨天晚上就在想，这个空间和域名买了大半个月了，也不能就这么荒废着啊，总得写点儿什么，于是就有了先写一篇流水账的打算。。。今天天气好，心情也好，不想去图书馆，就先在这里垫点儿土吧~

自从四个星期前考完了德福，至今几乎再没碰过德语。但德福考试成绩就像一颗重磅炸弹，随时都可能再次炸乱我的生活，不过那至少还要再过两个星期了~那这四个星期我都在做什么呢？除了小一个星期堕落在DOTA的世界里外，其余时间都在看书。原本是想用actionscript编一个小游戏出来，但最后还是将重点放在了Perl上，actionscript先放一放。

学Perl的原由来自于生物信息学（Bioinformatic）。在英国读生物学的表叔建议我，Perl语言很重要。趁两次德福考试的间隙，终于有机会接触这门神奇的外表看似火星语的语言。这星期把《Learning Perl》看完了，下周开始学习《Intermeidiate Perl》，还有Perl和CGI编程也在看。但Perl这方面的中文图书实在太少了，使我不得不去查看英文的原版文献。

另外看了一本清华大学出版社的《生物信息学基础》，对于生物信息学的研究内容、方向和方法都有了了解。其它的又看了一些关于密码学和加密解密的书。这些是我大一大二时候感兴趣的东西了，现在有了时间，重拾记忆。还有小说《斯巴达克斯》，终于一鼓作气看完了，让人看得荡气回肠。但其中也有一些问题，比如作者把女人在战争中的作用太过夸张，好像把男人显得都很弱智一样。虽说红颜祸水，但也没这么夸张的吧。

另外昨天晚上在卓越网订了一本书，叫做《为什么要相信达尔文》。传说很好。

恩，第一篇流水账就这样吧，以后我会常来的。

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